クリーンルームは、その制御対象によって一般の塵埃を対象とするインダストリアルクリーンルーム（ICR）と、特に微生物濃度を制御対象とするバイオクリーンルーム（BCR）に分けられます。
食品・製薬・病院手術室などで特に重要な部分は、無菌に近い状態にしておくことが望ましいと言えます。一般にバクテリアは高性能フィルターで取り除くことができますが、ウィルスはバクテリアに比べ、非常に小さいため、除去するのは困難であると考えられます。しかし大部分のバクテリアやウィルスなどは、空気中の浮遊塵埃に付着して空気中に生存していると考えられています。従って、空気中の塵埃を除去することによって、大部分の細菌類も除去できることになります。BCRの制御粒径は0.5µmを制御対象とすることで十分であると言われています。